La costruzione del secondo tubo ha inevitabili ripercussioni sull’ambiente. Per esempio, gli operai addetti alla costruzione devono disboscare pendii per fare spazio ai piazzali d’installazione e alle vie di trasporto. Anche la traforazione stessa del massiccio del San Gottardo è un’interferenza nella natura. Per compensare questi interventi, l’USTRA adotta una serie di misure a favore dell’ambiente nella regione interessata.